Historia świnki morskiej nie jest tak naprawdę znana do dzisiaj. Wiadomo, że towarzyszy człowiekowi już od tysięcy lat. Świnka pochodzi z Ameryki Południowej. Pierwsze wzmianki o hodowli domowej tych zwierząt pochodzą nawet z 3000 r. p.n.e. Świnki morskie były hodowane głównie dla mięsa. Wśród Indian i Inków była także obiektem kultu religijnego - odkryto już wiele zmumifikowanych zwłok świnek, pochowanych w grobowcach.
Do Europy świnki przybyły najprawdopodobniej z Peru wraz z pierwszymi odkrywcami Ameryki. Pierwsze wzmianki ze Starego Świata pochodzą z ok. 1500 roku. Z pochodzenia też wywodzi się nazwa świnki, a więc "morska", a wcześniej prawdopodobnie "zamorska". Przed przybyciem do Europy świnki przebyły długą podróż statkami, które po drodze zawijały do Gwinei, co sprawiło, że obecna angielska nazwa świnki morskiej to "Guinea Pig", czyli "świnka gwinejska". A dlaczego "świnka" - zapewne z powodu swojego wyglądu i tułowia pozbawionego widocznej szyi, co przywodzi od razu na myśl popularne zwierzęta gospodarskie. Również charakterystyczne pomrukiwanie i chrząkanie świnek morskich przypominają odgłosy jakie wydają świnie.